Для режима Миссисипи характерны весенне-летнее половодье и бурные дождевые паводки; самые высокие паводки образуются при совпадении периодов таяния снегов в бассейне верхней Миссисипи и в бассейне Миссури и выпадения обильных дождей в бассейне Огайо, водоносность которой значительно превышает водоносность Миссисипи в месте их слияния. В таких случаях в среднем и нижнем течении Миссисипи возникают сильные наводнения, которые характерны также и для всех крупнейших притоков Миссисипи.