1) после что , не нужна
2) перед и ,
3) после и , не нужна.

1. Он предположил, что если эта  тропинка приведет к дому лесника, то это будет означать, что они не сбились  с пути.

грамматические основы:
1 основа - он предположил
2 основа - тропинка приведет
3 основа - будет означать
4 основа - они не сбились

2. Я задумался над ее словами и, когда снова захотел обратиться к ней с каким-то вопросом, увидел, что Таня тихо спит, склонив голову на плечо.

грамматические основы:
1 основа - я задумался и увидел
2 основа - захотел обратиться
3 основа - Таня спит

3. Казалось, голоса звучат где-то вдалеке и, словно качаясь на волнах света, то приближаются, то удаляются.

грамматическая основа:
голоса звучат, приближаются, удаляются