В том же 1646 г. Хмельницкий вступил в острый конфликт с номинальным «старостой» Чигирина Александром Конецпольским и «подстаростой» Даниэлем Чаплиньским. Причиной были претензии Чаплиньского на участок, издавна принадлежавший Хмельницким. По сообщению еврейского хрониста Н. Ханновера, чигиринским шинком владел арендатор «староства» , еврей Захарья Собиленко; по документам, исходящим от самого Хмельницкого, в конфликт определенно были вовлечены евреи. Так, в одной из жалоб высшему польскому чиновнику на Приднепровской Украине, коронному гетману Николаю Потоцкому, Хмельницкий писал: «Даже от евреев мы испытали невыносимые обиды и унижение» (последнее слово может быть переведено и как «ущерб») , в жалобе королю: «Даже евреи, надеясь на поддержку старост, также наносят нам большой ущерб» . Аналогичные претензии к евреям повторяются и в сохранившихся личных письмах Хмельницкого, адресованных А. Казановскому и В. Заславскому (оба — 1648 г.) . В 1646 г. некий польский солдат (вероятно, подосланный Д. Чаплиньским) совершил покушение на Хмельницкого, в 1647 г. умерла или погибла жена Хмельницкого Анна. В марте–апреле 1647 г. имение Суботов было захвачено Чаплиньским, а семья Хмельницкого изгнана из дома. Жалобы пострадавшего привели лишь к его аресту по обвинению (по всей видимости, ложному) в попытке переправить оружие на Сечь. В декабре 1647 г. Хмельницкий был освобожден из-под ареста под поручительство одного из своих бывших польских командиров, а в январе 1648 г. вместе с группой приближенных казаков и старшим сыном Тимошем бежал в Запорожскую Сечь.

Хмельницкому удалось стать во главе тех, кто был недоволен властями. Опираясь на крестьян и мещан, бежавших от притеснений; казаков, устраненных из списков «реестровых» и лишившихся заработка, Хмельницкий добился избрания гетманом Войска Запорожского. Хмельницкий сумел с самого начала восстания договориться с сильным врагом Речи Посполитой — крымским ханом, и это изменило расклад сил в противостоянии казаков с метрополией.