Енисей в районе Красноярска, Дивногорска, Саяногорска перестал замерзать, в частности, протяженная незамерзающая полынья ниже Красноярска может иметь длину до 500 км. Официальный сайт «РусГидро» связывает формирование столь протяженной полыньи «не столько с работой ГЭС, сколько со сбросами теплых сточных вод в Красноярске». Климат стал более мягким, а воздух более влажным, благодаря огромному количеству воды, которая скапливается в Красноярском водохранилище.
Кроме того, каскад енисейских ГЭС затопил большие площади ценных земель, привел к уничтожению археологических памятников, биоценозов, рыбных ресурсов, вынужденному переселению значительного количества населения.
После постройки в Красноярске-26 в 1950-е годы горно-химического комбината были введены в эксплуатацию два прямоточных ядерных реактора для выработки оружейного плутония (плутония-239). Реакторы имели охлаждение прямоточного типа, то есть после забора воды и охлаждения реактора вода без очистки сбрасывалась обратно в Енисей — что привело к радиационному загрязнению Енисея.
Весной 2012 года началось заполнение водохранилища БоГЭС, что привело к падению уровня воды, оголению берегов реки на десятки метров и истреблению кормовой базы для рыб.