Режим Енисея сложен. Питание реки осуществляется в основном за счет снега, дождей и частично - грунтовых вод. Годовой уровень характеризуется сравнительно высоким и продолжительным весенним паводком (апрель-июнь), в период лета и осени уровни реки низкие. Эксплуатационные условия в бассейне различны по участкам и отдельным рекам. В русле Енисея имеется большое количество порогов, перекатов, крупных камней. Река вскрывается ото льда в конце апреля-начале мая, и уже в октябре - начале ноября начинается ледостав