Бактерии относятся к прокариотам - они не имеют оформленного ядра и других мембранных органоидов. У бактерий по сути выделяют три основные структуры: рибосомы, нуклеотид и цитоплазмотическую мембрану.
Протисты же относятся к эукариотам - их клетка имеет ядро (одно или пару ), мембранные органоиды (комплекс Гольджи, митохондрии и т.д.)
Кроме этого протисты имеют большее разнообразие форм и размеров своих клеток.