1. (разг. ирон.) О хорошо укрепленном городе, населенном пункте, крепости, которую трудно взять.
2. ( разг. ирон.) О человеке, отличающемся твердым или скрытным характером, не поддающемся влиянию других.
3. (перен.) О чём-либо с трудом разрешимом, а также о человеке, у которого трудно выведать тайну, к которому трудно найти подход.

Но я полагаю, что выражение крепкий орешек имеет достаточно косвенное отношение ко всем этим военно-историческим маневрам. Просто по определению орех, или орешек – это что-то твердое, крепкое, которое голыми руками не взять. Так, что фразеологизм крепкий орешек объясняет сам себя без всяких дополнительных толкований.