В силу части 1 статьи 47 Конституции РФ никто не может быть лишен права на рассмотрение его дела в том суде и тем судьей, к подсудности которых оно отнесено законом.
В силу статьи 31 УПК РФ Президиум ВС РФ не рассматривает дела данной категории в качестве суда первой инстанции (да и вообще ничего по первой инстанции не рассматривает, ибо занимается исключительно надзором - смотри, в частности, статью 412.1 УПК РФ).
В абзаце 1 пункте 19 Постановление Пленума ВС РФ 27.11.2012 № 26 в качестве существенного нарушения уголовно-процессуального закона, влекущего за собой отмену приговора, назвал рассмотрение уголовного дела с нарушением правил подсудности.
На основании этого можно сказать, что вынесенное Председателем ВС РФ постановление о передаче дела на рассмотрение в Президиум ВС РФ незаконно, а потому протест Генерального прокурора РФ обоснован.