Начинается Юрюзань на восточном склоне горы Угловой Машак, одного из самых высоких южно-уральских хребтов, Машак на высоте 964 м. над уровнем моря. Сначала Юрюзань течёт на северо-восток по узкой горной долине между хребтами Машак и Кумардак, по урочищу Юрюзанская долина. Далее, выйдя из горной теснины Юрюзань течёт между хребтами Бакты и Зигальга. В среднем течении Юрюзань выходит из гор на равнину. В нижнем течении, прорезая толщу уфимского плато, река впадает в залив Павловского водохранилища на реке Уфа.

По землям Челябинской области Юрюзань протекает через города Юрюзань, Трёхгорный и Усть-Катав, в Башкирии протекает через сёла и посёлки и впадает в Павловское водохранилище. На Юрюзани стоит известный курорт Янгантау. Севернее города Усть-Катава на высоте 15 м от летнего уровня реки Юрюзани в 300 м от лога вниз по течению находится пещера Бурановская с находками артефактов эпохи неолита.

Среднегодовой расход воды — около 55 м³/сек. Ледоставобычно с ноября по апрель.

Юрюзань — популярное место водных походов: река, относящаяся к первой (самой простой) категории сложности, протекает среди красивых гор и скал Южного Урала. При организации путешествия следует помнить, что на реке имеется плотина в городе Юрюзань и закрытый для прохода ЗАТО город Трёхгорный.

Река Юрюзань даёт прекрасные возможности для рыбалки на всём её протяжении. Здесь водится вся рыба, присущая горным и равнинным рекам Южного Урала. Ведь Юрюзань на разных участках изменяется от горной до полугорной и даже равнинной реки.

Река Юрюзань раньше являлась судоходной, по ней в 1920-хгодах сплавлялись суда.