Огромными массивами здесь произростают кустарники — заросли черемухи, рябины, жимолости, калины, шиповника, малины, смородины, карагача, боярышника, можжевельника. Высоко на склонах гор простираются луга, которые по своей красоте могут поспорить с альпийскими. В Восточном Казахстане водятся медведи, рыси, росомахи, зайцы, соболи, лисицы, хорьки, маралы, косули, выдры. В горах встречаются архары, сибирские козлы, барсы, сурки, барсуки. В лесах Саура и прибрежных зарослях Зайсана водятся дикие кабаны. В Восточно-Казахстанской области обитает 380 видов птиц: дятлы, сойки, синицы, поползни, овсянки, дрозды, дрофы, черные аисты, лебеди, глухари и др. На территории Восточного Казахстана расположено 24 национальных заповедника, общая площадь которых составляет 6% от всей территории Восточно Казахстанского региона.
Это заповедники и заказники (Маркакольский, Западно-Алтайский, Кулуджунский, Алакольский, Нижне-тургусунский, Тарбагатайский) , 8 зоологических и ботанических заказников, 6 памятников природы, Катон-Карагайский национальный природный парк. Особого внимания заслуживает территория Казахстанского Алтая, являющегося частью Алтайско-Саянского экологического региона. Благодаря своему уникальному ландшафту и биологическому разнообразию, данный регион входит в 200 приоритетных глобальных