Макарий, как и его мать, решил посвятить свою жизнь монашескому подвигу. С этой целью он избрал Пафнутиево-Боровский монастырь. В это время из монастыря уже ушел Иосиф Волоцкий. 
Митрополит Макарий является сподвижником царя. В 1552 году он предсказывает царю победу над неверными при Казани. И его прогноз оправдывается. В 1547 и 1549 годах он созывает соборы, которые затем получили название Макарьевских. На этих соборах решается вопрос почитания святых. В 1551 году под руководством Митрополита Макария проходит Стоглавый собор, на котором рассматривается вопрос о моральном облике православного христианина.
Он основал множество мастерских, где создавались иконы и предметы утвари. Поэтому многие уважали и чтили его. К людям относился ровно и не делил их на богатых и бедных. Многим помогал, выкупал пленных у татар.