24 сентября 2002 года создан Государственный комитет по противодействию незаконному обороту наркотических средств и психотропных веществ при Министерстве внутренних дел Российской Федерации[2].11 марта 2003 года Государственный комитет по противодействию незаконному обороту наркотических средств и психотропных веществ при Министерстве внутренних дел Российской Федерации преобразован в Государственный комитет Российской Федерации по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ (Госнаркоконтроль России)[3], председателем комитета назначен В. В. Черкесов[4]. Комитету передана материальная база и бо́льшая часть (40 тысяч единиц[5]) штатной численности упразднённой Федеральной службы налоговой полиции Российской Федерации. Комитет начал свою деятельность 1 июля 2003 года.6 июня 2003 года утверждено «Положение о Государственном комитете Российской Федерации по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ»[6].9 марта 2004 года Госнаркоконтроль России переименован в Федеральную службу Российской Федерации по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ[7].28 июля 2004 года Федеральная служба Российской Федерации по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ переименована в Федеральную службу Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков[8].12 мая 2008 года указом Президента Российской Федерации В. В. Черкесов освобождён от должности директора ФСКН России[9].15 мая 2008 года указом Президента Российской Федерации директором ФСКН России назначен В. П. Иванов[10].2 января 2011 года Президент Российской Федерации подписал Указ № 20 «Об учреждении знамени Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков и знамён её территориальных органов»[11].В июле 2015 года в Администрацию Президента Российской Федерации поступил ряд предложений о грядущих сокращениях в силовых и правоохранительных органах. Они были предоставлены Минфином России, МВД России и ФСКН России. В рамках сокращения бюджета предлагалось расформировать две службы — ФСКН России и ФМС России. Штатная численность наркоконтроля составляла около 34 тыс. сотрудников. Из них предполагалось уволить около 27 тыс., а 7,5 тыс. офицеров перевести в МВД России в подразделения уголовного розыска. Это позволяло сократить расходные статьи бюджета примерно на 30 млрд руб. Экономия главным образом была бы за счет массового сокращения управленческого аппарата и генеральских должностей. Отдельно пояснялось, что темой легального оборота наркотиков (аптеки, фармацевтические компании и т. д.) станут заниматься уже не правоохранительные органы, а соответствующие службы Минздрава России.31 марта 2016 года Правительством Российской Федерации рассмотрен и одобрен проект федерального закона «Об органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ»[12].В этот же день заместитель директора ФСКН России генерал-полковник полиции Николай Аулов был объявлен Испанией в международный розыск и заочно арестован по обвинению в связях с оргпреступностью[13].
Вечером того же дня Президент Российской Федерации В. В. Путин встретился с директором ФСКН России В. Ивановым[14].
5 апреля 2016 года Президент Российской Федерации подписал Указ № 156 об упразднении Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков и передаче её функций в МВД России[15]. С апреля 2016 года функции ФСКН России выполняет Главное управление по контролю за оборотом наркотиков Министерства внутренних дел Российской Федерации. 13 апреля 2016 года начальником ГУ назначен генерал-майор полиции Храпов Андрей Иванович[16].

24 сентябля 2002 года