Как в этом подходе отразились представления о философии эпохи раннего Нового времени?

Учитывая, то, что Кантемир занимался переводами Монтескье, Декарта, Джонна Локка, думаю их представления и отразились на данном подходе. Хотя "метафизика" является категорией античной философии, но не Нового времени.

Рассуждая с позиций сегодняшнего дня, что из названного вы бы оставили в составе философии, а что исключили? Почему?

Я бы исключила "преемственность", включающую метафизику, учение о сверхъестественном, а все остальное оставила. Дело в том, что "сверхъестественное" не имеет такой важной роли в жизни человека сейчас, как этика, как физика, как логика. Главное место в жизни современного человека занимают технологии, а не сверхъестественное.