Вопрос о судебной системе решен в Конституции РФ лишь частично в связи с тем, что, когда принималась действующая российская Конституция, реформирование судебной системы не было завершено. Однако Конституция РФ заложила основы организации судебной власти в России.

В частности, Конституция 1993 г. выделяет отдельную главу «Судебная власть» (глава 7), что соответствует принципу разделения властей. В соответствии с этим же принципом, органы судебной власти относятся к органам государственной власти. В главе 7 не говорится о системе органов судебной власти, речь идет о судебной системе, которая, в свою очередь, регулируется Конституцией и федеральным законом.

Конституцией в судебную систему включены: Конституционный Суд РФ, Верховный Суд РФ, Высший Арбитражный Суд РФ, указано, что действуют другие федеральные суды (конституционные (уставные) суды субъектов РФ, суды субъектов Федерации). На уровне районов и городов система судов определяется федеральным конституционным законом. Создание чрезвычайных судов не допускается.

Конституция РФ 1993 г. (ст. 123) закрепляет возможность осуществления судопроизводства с участием присяжных заседателей.

Военные суды включаются в федеральную судебную систему и рассматривают дела о преступлениях военнослужащих.