Детство провёл в Друскениках, где его отец, сын вольного литовского крестьянина[источник не указан 1942 дня], был органистом. Мать происходила из семьи евангелистов, эмигрировавших из Регенсбурга в связи с гонениями со стороны католической церкви. В семье будущего художника звали «Константом»[1], в семье говорили на польском языке, Чюрлёнис на протяжении всей своей жизни писал дневники только по-польски, как и все свои литературные произведения, а также большинство писем[2].

Когда у него проявились способности к музыке, он был зачислен в музыкальную школу князя Михаила Огинского в Плунгянах (1889—1893), который, несмотря на ряд конфликтов, всё же начал относиться к Чюрлёнису с большой симпатией. В этой школе и княжеском оркестре началась его профессиональная музыкальная карьера.

Князь предложил Чюрлёнису поступить в Варшавский музыкальный институт (1894—1899) и обеспечил его стипендией. В 1899, после защиты диплома, Чюрлёнис получил от князя в подарок пианино. Затем он написал симфоническую поэму «В лесу», которая стала первым литовским симфоническим произведением. Уехав в Лейпциг, он обучался там музыке в Лейпцигской консерватории (1901—1902).

После смерти князя, Чюрлёнис, оставшийся без стипендии, вынужден был покинуть Лейпциг, а осенью 1902 г. уехать в Варшаву. Здесь он учился живописи в рисовальной школе Яна Каузика (1902—1905) и художественном училище (1905) у К. Стабровского в Варшаве. Работы Чюрлёниса получили одобрение, и ему ....была предоставлена свобода в реализации своих замыслов.[3]

Около 1904 г. он вступил в Варшаве в общество взаимопомощи и руководил хором. Впервые экспонировал свои работы в Варшаве в 1905 году. В 1906 его работы выставлялись на выставке учеников Варшавского художественного училища в Санкт-Петербурге.

Первый публичный и подчёркнуто положительный отзыв о его работе «Покой» появился в газете «Биржевые ведомости» (№ 9266 за 1906 г.). Успех Чюрлёниса был хорошо воспринят в среде его соотечественников, поскольку им импонировало, что по происхождению он — литовец, хотя не знающий литовского языка[1].

В январе 1907 года в Вильне была организована первая выставка литовского изобразительного искусства, одним из инициаторов и участников которой был Чюрлёнис. Это стало причиной его возвращения на родину.