Иногда для полноты воспроизведения авторского замысла и оригинальной музыки в версию 1872 года добавляют сцену у собора Василия Блаженного из первой редакции.
«Хованщину» по понятным причинам также постигла многочисленная редактура – Римским-Корсаковым, Шостаковичем, Стравинским и Равелем. Версия Д.Д. Шостаковича считается наиболее близкой к оригиналу.
Дирижер Клаудио Аббадо для «Хованщины» 1989 года в Венской опере сделал собственную компиляцию музыки: он восстановил некоторые эпизоды в авторской оркестровке, вычеркнутые Римским-Корсаковым, взял за основу редакцию Д. Шостаковича и финал («Заключительный хор»), созданный И. Стравинским. С тех пор данная комбинация неоднократно повторялась в европейских постановках оперы.
Несмотря на то, что и Пушкин, и Мусоргский в своих произведениях представили Бориса Годунова детоубийцей, прямых исторических свидетельств того, что царевич Димитрий был убит по его приказу, нет. Младший сын Ивана Грозного страдал эпилепсией и, согласно показаниям очевидцев и официального следствия, умер от несчастного случая во время игры с острым предметом. Версию о заказном убийстве поддерживала мать царевича Марья Нагая. Вероятно, из мести Годунову она признала сына в Лжедмитрии I, хотя позже и отреклась от своих слов. Интересно, что следствием по делу Димитрия руководил Василий Шуйский, который позже, став царем, изменил свою точку зрения, однозначно утверждая, что мальчик был убит по поручению Бориса Годунова. Этого мнения придерживается и Н.М. Карамзин в «Истории государства Российского».
Сестра М.И. Глинки Л.И. Шестакова подарила Мусоргскому издание «Бориса Годунова» А.С. Пушкина с вклеенными пустыми листами. Именно на них композитор отметил дату начала работы над оперой.
Билеты на премьеру «Бориса Годунова» раскупили за 4 дня, несмотря даже на их цену, втрое превышавшую обычную.
Зарубежные премьеры «Бориса Годунова» и «Хованщины» прошли в Париже – в 1908 и 1913 годах соответственно.
Не считая произведений Чайковского, «Борис Годунов» - самая известная русская опера, неоднократно ставившаяся на крупнейших сценах.
Знаменитый болгарский оперный певец Борис Христов на записи «Бориса Годунова» 1952 года исполнил сразу три партии: Бориса, Варлаама и Пимена.
Мусоргский – любимый композитор Ф.И. Шаляпина.
Дореволюционные постановки «Бориса Годунова» были немногочисленны и кратковременны, в трех из них заглавную партию исполнял Ф.И. Шаляпин. По-настоящему оценили произведение только в советское время. С 1947 года опера идет в Большом театре, с 1928 – в Мариинском, причем, в текущем репертуаре театра – обе редакции.