Причины, побудившие Баха к созданию столь грандиозной композиции, остаются неясными. Все предположения прошлых и нынешних баховедов носят гипотетический характер. Так, по Дж. Рифкину, «ни одна из прежних попыток идентифицировать конкретный повод для этого сочинения не выглядит убедительной. Более вероятно, что Бах стремился создать парадигматический образец вокальной композиции и в то же время внести свой вклад в историю музыкальной мессы, наиболее ответственного и престижного (наряду с оперой) жанра»[1]. Тот факт, что в Мессе не используется обычный для кантатно-ораториальной музыки Баха тематизм лютеранских церковных песен (так называемого протестантского хорала), а также тот факт, что в качестве текстовой основы взят традиционный латинский ординарий (в некоторых лютеранских церквах Германии использовались латинские тексты, но никогда — полный ординарий), исключают функционирование Мессы h-moll в современном композитору протестантском обиходе; сочинение задумывалось Бахом, вероятно, как концертная, а не как церковная музыка.

Музыку Мессы, венчающей его творческую карьеру, Бах обдумывал в течение многих лет. Так, Sanctus он написал ещё в 1724 для первого дня Рождества. Kyrie и Gloria были написаны для лютеранской мессы в 1733. В конце 1740-х гг. прежде написанные части ординария композитор основательно переработал и отшлифовал. Автограф Мессы в окончательном виде датируют 1748 или 1749 годом.