Симфония №40 была написана в числе трёх больших симфоний летом 1788 года. В 1791, незадолго до своей смерти, композитор создал её вторую редакцию, добавив в партитуру кларнеты.

В июне 1788 года Моцарт вместе с женой Констанцей переехал из дома в центре Вены в загородный дом по причине денежных долгов и острой нехватки денег. Супруги взяли с собой за город своего сына Карла Томаса и дочку Терезу, которой было 6 месяцев. Через 10 дней после переезда (29 июня) Тереза умерла. Моцарт, горевавший по поводу смерти дочери и страдавший от острой нехватки денег, тем не менее одну за другой пишет большие симфонии: симфония Ми-бемоль мажор (№39) закончена 26 июня, KV 543; симфония соль минор (№40) закончена 25 июля, KV 550; симфония До мажор (№41), закончена 10 августа, KV 551. Эти большие симфонии были созданы по подписке, должны были быть исполнены ещё в июле, однако исполнение их всё откладывалось, и при жизни Моцарта так и не состоялось.