Основное отличие - Fruity Loops, в отличие от Cubase, не ориентирован на запись и сведение музыки. Т.е. записывать и сводить во Fruity Loops можно, но это очень неудобно.

Fruity Loops создан именно для работы с VST-инструментами на MIDI-дорожках.

В ней удобно работать из-за эдакого патерного интерфейса. Поклецал на квадратики, быстренько лупик навоял, размножил, трек готов.
Большой набор семплов. Как правило в ФЛ засовывают огромное количество семплов которые большинство писателей и юзают.
Фрутилуповец любыми силами будет упираться, и защищать свою программу не зная о том что звучание его программы и алгоритм миксдауна уступает Штайнберговскому.
В кубуйсе качественнее инструменты по редактированию аудио и миди, При использовании большого количества VST, кубейс более оптимально расходует ресурсы системы, так же есть функция Freeze для заморозки дорожек и разгрузки системы.
И я бы не сказал что к кубе не удобно создавать аранжировки барабанных партий, если так уж сроднились с патернной системой, пожалуйста в кубейсе 5, есть замечательный плагин Loop mash.