Я думаю, что руками, когда играющей "команды не так много человек", а палочкой для того, чтобы всем людям, которые играют на инструментах было видно дирижёра. надеюсь, помогла)

Палочка считается продолжением руки. Она должна быть легкой и светлой, чтобы выделяться в темноте, которая часто сопутствует дирижированию.Для придания грации и шарма движениям дирижера у них была палочка. 

Руками же они указывают длительность нот,так же управляют оркестром: отсчитывает размер исполняемого произведения и указывает моменты вступления отдельных инструментов.