Александр Порфирьевич Бородин родился в Санкт-Петербурге 31 октября[12 ноября] 1833 от внебрачной связи 62-летнего грузинского князя изИмеретии Луки Степановича Гедианова (Гедеванишвили)[3], (1772—1840) и 25-летней Авдотьи Константиновны Антоновой и при рождении был записан сыном крепостного слуги князя — Порфирия Ионовича Бородина и его жены Татьяны Григорьевны. До 8 лет мальчик являлся крепостным своего отца, который перед смертью в 1840 году дал сыну вольную и купил четырёхэтажный дом для него и Авдотьи Константиновны, выданной замуж за военного врача Клейнеке. В первой половине XIX века внебрачные связи не афишировались, поэтому имена родителей скрывались и незаконнорождённого мальчика представляли какплемянника Авдотьи Константиновны.[4][5]

Из-за происхождения, не позволявшего поступить в гимназию, Бородин проходил домашнее обучение по всем предметам гимназического курса, изучал немецкий и французский языки и получил прекрасное образование.

Уже в детстве обнаружил музыкальную одарённость, в 9 лет написав первое произведение — польку «Helen». Обучался (по воле матери преимущественно дома) игре на музыкальных инструментах — вначале на флейте и фортепиано, а с 13 лет — на виолончели[6]. В это же время создал первое серьёзное музыкальное произведение — концерт для флейты с фортепиано[7].

В возрасте 10 лет стал интересоваться химией, которая с годами из увлечения превратилась в дело всей его жизни.

Однако занятиям наукой и получению высшего образования препятствовало всё то же «незаконное» происхождение молодого человека, которое, при отсутствии легальной возможности изменения общественного статуса, вынудило мать Бородина и её мужа воспользоваться ведомством чиновников Тверской казённой палаты, чтобы записать сына в Новоторжское третьей гильдии купечество. Он получил право закончить гимназию и продолжить своё образование в высшем учебном заведении.

Летом 1850 года Бородин отлично сдал экзамены на аттестат зрелости вПервой Санкт-Петербургской гимназии, а в сентябре того же года семнадцатилетний «купец» Александр Бородин поступил вольнослушателем в петербургскую Медико-хирургическую академию, которую окончил в декабре 1856 года. Изучая медицину, Бородин продолжал заниматься химией под руководством Н. Н. Зинина.