В 263 году святилище Артемиды было разграблено готами. Во времена императора Феодосия I, когда в 391—392 гг. были запрещены все языческие культы, храм Артемиды в Эфесе закрыли. На месте храма была построена церковь, которая позже тоже разрушилась.

Мраморную облицовку с него стали растаскивать на разные постройки, была разобрана и крыша, нарушено единство конструкции. И когда начали падать колонны, то их обломки засасывало болотом, на котором стоял храм. А ещё через несколько десятилетий под жижей и наносами реки скрылись последние следы лучшего храма Ионии. Даже место, где он стоял, постепенно забылось.

Несколько лет потребовались английскому архитектору и инженеру Джону Тертлу Вуду, чтобы отыскать следы храма. 31 октября 1869 года ему повезло. Полностью фундамент храма был вскрыт только в двадцатом веке. А под ним — следы храма, сожжённого Геростратом.

В настоящее время на месте храма стоит одна восстановленная из обломков колонна.