Идея создания повести появилась у Толстого в 1889—1890 годах. Первый план появился в дневнике Толстого 3 февраля1890 года. 6 июня Лев Николаевич писал:

Начал Отца Сергия и вдумался в него. Весь интерес — психологические стадии, к[оторые] он проходит[1].

Толстой перерывами работал над повестью до сентября 1891 года. Вернулся к ней он только к 1898 году. 12 июня 1898 года Лев Николаевич отметил в дневнике:

Нынче совсем неожиданно стал доканчивать «Сергия»[2].

В октябре 1900 года, когда Лев Николаевич встречался с Максимом Горьким, то пересказал ему содержание повести. Горький вспоминал:

…я слушал рассказ, ошеломлённый и красотой изложения, и простотой, и идеей[3].