Там множество символов.
Имена героев играют большую роль. 
Например, Гелла в древненорманской мифологии олицетворяет богиню преисподней, которая распределяла души умерших по болезни и старости.
Иешуа - символизирует Христа.
Кроме того, в романе существуют сразу 3 времени, 3 пространства. Число 3, как известно, у нас непростое. 
В романе описаны 3 грозы, которые обозначают перемены.
Также нужно обратить на солнце и духоту в Москве в романе, так как все эти характеристики означают, что вся атмосфера города неблагоприятная. 
Луна обозначает умиротворение, покой и свободу.
Зеркала - связь с потусторонним миром.
Желтые цветы в начале отношений Мастера и Маргариты, брошенные сразу же при встрече. Желтый цвет - цвет разлуки, но цветы бросили. В конечном итоге Мастер и Маргарита прошли через все испытания и вместе обрели покой.