В современном русском языке авгиевыми конюшнями называют: 
1) сильно загрязненное, захламленное, засоренное место (в результате длительного небрежения) , помещение, где царит полный беспорядок; 
2) каком-либо учреждение, организацию и т. п. , где царит беспорядок и хаос, полная неразбериха в ведении дел; 
3) о сильно запущенные дела, беспорядочное скопление бумаг, документов.
В общем беспорядок, хаос...
Грязное местечко там.. 
"У тебя в комнате авгиевы конюшни" Означает, что у тебя бардак в комнате.