Шоқанның ата-бабалары атақты сұлтандар әулетіне жатады. Оның арғы бабасы Абылай хан XVII ғасырдағы айбынды қазақ билеушілерінің бірі болды. Ал атасы Уәли хан патша үкіметі ресми түрде бекіткен қазақтың соңғы ханы еді. Шоқанның әкесі - Шыңғыс Уәлиханов білімді адам болған. Ол 1834 жылы Омбыда Сібірдің казак әскери училищесін бітіріп, орыс армиясында жоғары әскери шен - полковник атағын алды және Қазақстанды басқару аппаратында бірсыпыра жауапты қызметтер атқарды: Құсмұрын округінің аға сұлтаны, Сібір қырғыздарының облыстық басқармасының кеңесшісі, Көкшетау округінің аға сұлтаны болды. Россияның алдында сіңірген еңбегі үшін оған өмірлік мұра ретінде дворян атағы берілді. Шоқаннын анасы жағынан туыс нағашылары — Баянауыл өлкесіндегі атақты Шормановтар әулеті болатын. Шорманов Мұса орыс армиясының полковнигі, белгілі қазақ биі, Баянауыл сыртқы округының аға сұлтаны еді.