Эти меры, или, как почему-то принято их называть, «церковные реформы», вызвали сопротивление в среде московских протопопов, которые считали, что греки после Флорентийской Унии недостаточно православны, а поэтому никак не могут служить образцом для Московской Патриархии. При поддержке царя патриарх Никон в первые годы смог воспрепятствовать натиску секуляризационных стремлений боярства, практически свел на нет действие тех статей Уложения 1649 г., которые были направлены на ущемление имущественных прав Церкви. Не допускал вмешательства в дела церковного управления и суда дьяков Монастырского приказа.