Отношения между ними были напряженными. Каждый старался получить власть и назначать своих епископов в государствах. Известен спор между Папой Римским Григорием VII и императором Священной Римской империи Генрихом IV.
Император и Папа боролись за право назначать епископов в империи, но Папа отлучил императора от церкви, лишив того части власти.