Владычество Ахеменидов над рядом областей Средней Азии, прервавшее процесс развития национальной государственности, продолжалось около двух веков и завершилось не освобождением среднеазиатских народов, а новым завоеванием- греко-македонскими войсками под командованием Александра Македонского, под ударами которых распалась некогда могущественная держава Ахеменидов.Весной 329г. до н.э. Александр появился на территории Средней Азии и, видимо, без особого труда завоевал Бактрию, а затем, переправившись через Амударью, вступил на согдийскую землю. Но борьба народов Средней Азии за независимость продолжалась. В 329-327г.г. Согд и Бактрия были охвачены крупнейшим народным восстанием против греко-македонских завоевателей, которое возглавил согдийский военачальник Спитамен, одна из замечательных фигур в истории предков узбекского народа. В его развитии можно проследить три этапа: I этап (весна-осень 329 г. до н.э.), когда инициатива восстания исходила главным образом от местного оседлого населения. На этом этапе Спитамен уничтожил в сражении при Мараканде часть македонского войска. Однако II этап (весна - осень 328г. до н.э.) борьбы за независимость имел уже несколько иной характер - Лишившись поддержки оседлых поселений, Спитамен продолжал борьбу с помощью кочевников - массагетов. Второй этап восстания завершается гибелью Спитамена, по одной версии, убитого предавшими его вождями кочевников, по другой - погибшего от руки собственной жены.Вступление македонской армии на территорию восточных сатрапий резко изменило сам характер войны. Если раньше население захватываемых территорий, за редким исключением, равнодушно смотрело на смену одного господина другим, то теперь началась настоящая война против завоевателей. В этой борьбе можно выделить три этапа. На первом борьбу возглавил бывший сатрап Бактрии Бесс, который объявил себя персидским царем, приняв имя Артаксеркса IV. К нему стекались все, кто хотел сопротивляться Александру. Примерно в течение полугода Александру пришлось задержаться в Арии, где на борьбу поднялся вступивший в союз с Бессом сатрап Сатибарзан. Волнения охватили Арахозию и Дрангиану, но несогласованность действий сатрапов помогла Александру расправиться с ними, и весной 329 г. до н. э. он через горы прошел из Арахозии в долину современного Кабула, а оттуда, преодолев перевалы Гиндукуша, вторгся в Бакгрию. Бесс не смог организовать настоящего сопротивления, видимо, не пользуясь доверием местного населения, и войско Александра переправилось через Оке (совр. Амударья) и вступило в Согдиану. Этот этап борьбы завершился выдачей Бесса Александру, который передал его родственникам Дария на расправу.

Александр двинулся в Мидию, но Атропат собственными силами подавил восстание Бариакса, захватил его в плен и выдал македонянам, которые и казнили его в Пасаргадах. В Мидии Александр посетил знаменитую область Багистан (Бехистун). Затем царь провел месяц на Нисейских полях, где с древнейших времен выращивалась знаменитая порода лошадей, слава которых и сами кони позднее достигли Китая, где получили название "небесных коней". 

Когда-то на Нисейских полях паслось 160 тыс. голов, а ко времени Александра вследствие грабежей, учиненных македонской военщиной, осталось только 60 тыс. коней.

Захватив столицу Согдианы Мараканду, Александр двинулся к реке Яксарт (совр. Сырдарья), основал Александрию Крайнюю (в р-не совр. Ходжента) и, переправившись через реку, разбил заяксартских кочевников. Между тем Спигамену удалось уничтожить отряд, посланный Александром на выручку Мараканде, которую осадили воины Спитамена. Узнав об этом, Александр поспешил к Мараканде, но Спигамену удалось укрыться в пустыне. В ответ Александр подверг полному опустошению долину Зеравшана. По свидетельству Курция Руфа, он «приказал жечь села и убивать всех взрослых»; согласно Диодору, он истребил здесь 120 тыс. человек, а остальных обратил в рабство. Но сопротивление не было сломлено, и в течение всего 328 г. до н. э. Александр был вынужден вести борьбу в Согдиане. Он построил ряд опорных военно-административных пунктов (Александрии) и своими многочисленными отрядами буквально прочесывал всю территорию. Спитамен, который ушел за Оке (в современную Туркмению) к массагетам, неоднократно совершал оттуда набеги на Согдиану, но в конце концов был разбит и бежал к массагетам, которые убили его.

С гибелью Спитамена борьба не прекратилась, но на последнем этапе она продолжалась только в отдельных горных районах. Постепенно бактрийская и согдийская знать переходит на сторону Александра. Внешнее выражение это примирение нашло в женитьбе Александра на дочери одного из бывших руководителей сопротивления Роксане. В войско Александра включается бактрийская и согдийская конница. Так закончилась борьба народов Средней Азии с завоевателями. Она потребовала от греко-македонской армии такого напряжения сил и привела к таким потерям, которых Александр еще не знал.