За остав­ши­ми­ся в Ис­па­нии мав­ра­ми и ев­ре­я­ми, вы­нуж­ден­но при­няв­ши­ми кре­ще­ние, ве­лась по­сто­ян­ная слеж­ка: цер­ковь стре­ми­лась ули­чить их в от­ступ­ле­нии от ис­тин­ной веры, об­ви­нить в ереси и кол­дов­стве. Для ис­ко­ре­не­ния ере­ти­ков в Ис­па­нии была учре­жде­на ин­кви­зи­ция. Ее воз­гла­вил сви­ре­пый и бес­по­щад­ный Томас Торкве­ма­да, об­ле­чен­ный зва­ни­ем «ве­ли­ко­го ин­кви­зи­то­ра» (рис. 3). За 10 лет, по­ка Торкве­ма­да стоял во главе ин­кви­зи­ции, ты­сячи людей были со­жже­ны на ко­страх, еще боль­ше под­верг­лись пыт­кам и со­дер­жа­лись в тюрь­мах. Казнь ере­ти­ков в Ис­па­нии по­лу­чи­ла на­зва­ние ауто­да­фе («дело веры»).
Сразу после взя­тия Гра­на­ды ко­роль и коро­лева из­да­ли указ об из­гна­нии всех ев­ре­ев из Ис­пан­ско­го ко­ро­лев­ства. 120 тысяч че­ло­век долж­ны были в те­че­ние трех ме­ся­цев по­ки­нуть стра­ну. Оста­вив дома и иму­ще­ство, из­гнан­ни­ки на­пра­ви­лись в му­суль­ман­ские стра­ны, в испан­ские ко­ло­нии в Аме­ри­ке или в Ни­дер­лан­ды.