Лопухиной не оправдал надежд отца, вырос безвольным и не принимал преобразования отца. Между ними постоянно возникали конфликты, Алексей часто вызывал гнев отца.

Конфликт возник еще когда мать Алексея была пострижена в монахи Петром первым, поменявшим ее на юную Монс. Алексей был нелюбим, не проявлял интереса к управлению страной и был тайным ненавистником реформ, консерватором. вскоре вокруг Алексея сплотились тайные ненавистники Петра. Зародился антиправительственный заговор с целью свержения Петра. По совету своих союзников Алексей (в каком то году) уплывает в Австрию (вроде) но российские дипломаты хитростью заманивают его на корабль, обещая,что он будет прощен и будет жить. Как только Алексей взошел на палубу, корабль тут же отчалил и его поместили под стражу. Алексей подвергся жестоким пыткам, на которых присутствовал и отец. Под пытками сын выдает почти всех членов заговора. после Сенат (вроде) выносит редикт: смертная казнь через повешение. Но Алексей не доживает до своей казни. Существуют две версии. Либо он умер от увечий (пытки) либо его каким то образом убили отравили задушили по приказу Петра дабы не бесчестить род Романовых. когда решался вопрос о наследнике, Петр сразу отмел кандидатуру своего внука от Алексея