Его правление характеризуется смутами, конфликтами с Бухарским эмиратом и капитуляцией перед Россией в ходе русско-кокандской войны. В начале его правления сильное влияние приобрели кипчаки во главе с Мусульманкулом. Однако в 1852 году многие кипчаки были перебиты, а Мусульманкул казнён.

За 30 лет своего правления он 3 раза лишался власти в борьбе с родичами, и каждый раз вновь завоевывал её.

В 1858 году Худояр-хан был свергнут в первый раз, и на престол был возведён Малла-хан.

Худояр-хан в 1871—1873 гг. выпускал монеты с надписями «Хуканд-и-Латиф» — «Приятный Коканд» и именем покойного Малла-хана (правил в 1858—1862 гг.)

кончательно свергнут в результате Кокандского восстания 1873—1876. Худояр-хан обратился за помощью к туркестанскому генерал-губернатору и летом 1875 бежал в Ташкент под защиту русских войск.

Позже он бежал в Афганистан, где скончался в 1886 году около Герата. Его могила находится в селе Карух.

В Коканде как напоминание о Худояр-хане остался его дворец, построенный в 1871 году.