Ян Гус родился предположительно в 1369 году на Юге Чехии, в местечке Гусинец (откуда и получил свою фамилию) в бедной крестьянской семье. Родители Гуса хотели обеспечить своим детям достойное существование, а в те времена крестьянам такую возможность давала только карьера в духовенстве. Маленького Яна отдали в школу в городе Прохатицы, в часе ходьбы от Гусинец, где он изучал грамматику, риторику, диалектику и некоторые естественные науки. В 18 лет Ян отправляется с матерью в Прагу и поступает в Пражский университет на факультет свободных искусств (факультет богословия был значительно дороже).

В 1396 году Гус получает степень магистра и остается на должности преподавателя. Главной темой своей преподавательской деятельности он избирает труды Джона Уиклифа – английского богослова и праотца движения лоллардов и протестантизма, обвиняемого Римской церковью в ереси. В учении Яна Гуса содержится критика богатства церкви и абсолютной власти Папы. Творчество Уиклифа, дискуссии о котором разворачивались на семинарах, оказало ключевое влияние на ум Гуса, переориентировав его взгляд в сторону реформаторства и критики пороков церковного руководства и клириков. В 1402 году Гус становится ректором Пражского университета и деканом факультета искусств при короле Вацлаве IV.