Наследование в период XVIII династии осуществлялось по материнской линии, так что по рождению Тутмос III не мог претендовать на престол. Законная линия престолонаследия восходила к Хатшепсут — дочери Тутмоса I и сестре и, видимо, жене Тутмоса II.

Однако, не имеющий явных прав на престол, Тутмос III на одном из праздников в честь Амона был провозглашён фараоном оракулом Амона, якобы по воле бога. Видимо, это произошло из-за отсутствия других претендентов мужского пола на престол.

На 3-м году своего правления Тутмос воздвиг на месте древнего кирпичного храма Сенусерта III в Семне, южнее вторых порогов, новый храм из прекрасного нубийского песчаника, в котором он заботливо восстановил древнюю пограничную плиту Среднего царства, и возобновил декрет Сенусерта, обеспечивающий приношения храму путём постоянного дохода. При этом он ни одним словом не обмолвился в своей царской титулатуре, стоящей в начале дарственной надписи, о каком-либо соправительстве с Хатшепсут. Однако затем честолюбивая вдова Тутмоса II, вероятно, при активной поддержке фиванского жречества захватила всю реальную власть в свои руки и провозгласила себя фараоном (видимо, это произошло в конце 4-го года правления Тутмоса III).

После этого Тутмос практически полностью был отстранён от управления страной и почти не упоминается в документах до самой кончины царицы, случившейся в конце 20-го года формального правления Тутмоса.