С 1802 года Ф. Ф. Ушаков командовал Балтийским гребным флотом, а с 27 сентября 1804 года являлся начальником флотских команд в Санкт-Петербурге. В 1807 году уволен в отставку с мундиром и пенсией. В 1810 году поселился в приобретённой им д. Алексеевке Темниковского уезда Тамбовской губернии, близ Санаксарского монастыря. Во время Отечественной войны 1812 года Ушаков был избран начальником ополчения Тамбовской губернии, но из-за болезни отказался от должности.Флотоводец умер 2 (14) октября 1817 в своём имении в деревне Алексеевка (ныне Республика Мордовия). Похоронен в Санаксарском монастыре близ города Темников.