Самые опасные восстания при Петре I произошли в период противостояния шведам, когда восстали донские казаки во главе с Кондратием Булавиным. Причиной восстания стали попытки возврата беглых солдат и крестьян, нашедших убежище на донских землях.
Булавинское восстание охватило 43 уезда между Волгой и Днепром, включая Запорожье, где нашли пристанище потомки крестьян Ивана Грозного, Алексея Михайловича, рекруты, нежелавшие служить четверть века, работные люд Азова, Таганрога и верфей Воронежа. Казаки оказывали им радушный прием, а все указы о выдаче беглецов игнорировались.
Для взятия ситуации под свой контроль, в начале осени 1707 г. к Дону отправился 1200-й отряд Юрия Долгорукого. Поздней осенью 1708 года восстание было окончательно подавлено. Карательные меры были ужасающи: заводчики были казнены, иные отправлены на каторгу, остальные высланы в приписные места, а поселения сожжены. 200 виселиц с повешенными бунтарями установили на плоты, которые в устрашение пустили вниз по Дону, говоря о всемогуществе самодержавной десницы.
Тогда же приказом самодержца разрушили Запорожскую Сечь, вынудив запорожцев обосноваться подле Олешек на Днепре.