Антирусское настроение в польской среде были настолько сильны, что даже инициатива начальника гражданского управления маркиза А.Велёпольского о восстановлении конституции 1815 года была сочтена слишком умеренной национальной программой и не удовлетворяла ни «красных» ни «белых». Маркиз решил при помощи специального рекрутского набора призвать в армию революционно настроенную молодежь, что привело к вооруженному восстанию в конце января 1863года. К маю 1864 года восстание было окончательно подавлено, после чего последние остатки польской автономии были ликвидированы, а название Царства Польского заменено на безликое «Привисленский край». Польские дворяне были лишены права избирать предводителей дворянства, которые теперь назначались из Петербурга. Полякам-католикам было запрещено покупать и арендовать земли в девяти западных губерниях.
При Александре II продолжилась политика, начатая Николаем I по отношению к Кавказским народам.
Изменилось отношение правительства и к еврейскому населению. В 1860-е годы были введены различные льготы, разрешавшие проживание вне «черт оседлости» купцам 1 гильдии, обладателям ученых званий, некоторым категориям ремесленников.