Вместе с другими Романовыми, подвергшимися опале при Борисе Годунове, который рассматривал их как своих соперников в притязаниях на московский престол, в 1600 году был сослан. Он сам и его жена Ксения Ивановна Шестова были насильно пострижены в монахи под именами «Филарет» и «Марфа», что должно было лишить их прав на престол. Единственный выживший их сын — Михаил Фёдорович — впоследствии в 1613 году был избран русским царём.
Будучи родителем государя, до конца жизни официально был его соправителем. Использовал титул «Великий государь» и совершенно необычное сочетание монашеского имени «Филарет» с отчеством «Никитич»; фактически руководил московской политикой.
Управление патриаршим двором Филарет стремился устроить по образцу государева двора. Был создан новый класс патриарших дворян и боярских детей, получавших за службу поместные оклады
20 мая 1625 года Филарет на правах государя издал царский указ, по которому патриарх получал право судить и ведать духовное и крестьянское население патриаршей области во всяких делах, кроме татьбы (воровства) и разбоя. Таким образом, при Филарете патриаршая область окончательно сложилась как государство в государстве. Её управление упорядочилось, но и значительно усложнилось.