Во-первых, вступив на престол Екатерина отменила указ Петра III о секуляризации земель церкви. Но уже в февр. 1764 г. вновь издала указ о лишении Церкви земельной собственности. Монастырские крестьяне числом около 2 млн чел. обоего пола были изъяты из ведения духовенства и переданы в управление "Коллеги экономи"В ведении государства вошли вотчины церквей, монастырей и архиереев.
Кроме того, по указу Екатерины II в 1787 году в типографии Академии наук в Санкт-Петербурге впервые в России был напечатан полный арабский текст исламской  священной книги "Коран" для бесплатной раздачи киргизам. Буддизм тоже получил государственную поддержку в регионах.