Разу же по возвращении перед Александром встала сложная задача по организации управления огромной державой, которая возникла в результате завоеваний. Мероприятия, проведенные Александром за тот недолгий срок, который ему еще оставалось жить (немногим более года), вся его политика несут на себе черты определенной двойственности. Александр действовал как владыка огромной многонациональной державы, центром которой он сделал Вавилон. Он стремился как-то укрепить единство государства, сгладить противоречия между завоевателями и побежденными. Отсюда — так называемая политика «слияния народов», которая нашла наиболее яркое выражение в свадьбе в Сузах, когда в один день пышно отпраздновали бракосочетание 10 тыс. воинов — греков и македонян — с местными девушками. Сам Александр женился на старшей дочери Дария, Гефестион — на его младшей дочери; женами ближайших сподвижников царя—Кратера, Пердикки, Птолемея, Эвмена, Неарха, Селевка —стали дочери придворных Дария и его сатрапов. Все новобрачные получили от Александра богатое приданое. Александр привлекал местную знать к управлению государством. Эти и ряд других фактов позволили некоторым ученым говорить об Александре как провозвестнике «братства народов». Однако его деятельность свидетельствует о другом — о стремлении расширить свою социальную базу, слить воедино персов и македонян, особенно их знать,
создав своего рода «господствующий народ», верную опору власти и орудие угнетения и эксплуатации других народов. Кроме того, поскольку македонская монархия сохраняла еще отдельные пережитки эпохи военной демократии (роль общего собрания воинов), Александр, объединяя македонян с персами, тем самым низводил и их до уровня подданных. 
В этой политике разрыва со старыми македонскими традициями препятствием для Александра стала его собственная армия, до сих пор представлявшая основную опору его власти. Поэтому Александр стремится изменить ее характер, включив в нее 30 тыс. юношей, которые еще во время похода мальчиками были отобраны из местного населения и обучены греческой грамоте и умению обращаться с македонским вооружением. С этой целью, а также заботясь о подъеме боеспособности войска, царь велит отправить по домам воинов, «не годных к военной службе по старости и увечьям». Приказ вызвал настоящий бунт, в котором приняли участие и другие македоняне, но Александр круто расправился с зачинщиками и в результате 10 тыс. македонян были отправлены по домам. Он проводит и некоторые другие реформы в армии, включая в нее новые контингенты из местных племен, но теперь уже соединяя македонян и персов внутри отдельных подразделений. 
Вместе с тем греки и македоняне оставались народами-завоевателями. Когда по возвращении Александру пришлось сместить многих сатрапов, которые во время походов в Среднюю Азию, считая маловероятным, что он вернется, почувствовали себя независимыми, то во всех важнейших областях сатрапами были назначены македоняне и греки.