Бывал ли Александр великодушен только по расчету или нет, однако по отношению к тем, кто оказывал ему сопротивление, он был безжалостен. Когда вскоре после его восшествия на трон против него восстали Фивы и Афины, Александр не только уничтожил армии этих городов, но и стер Фивы с лица земли. Финикийский город Тир, который располагался на скалистом острове и считался неприступным, отказался покориться, однако после семи месяцев осады был взят, а затем уничтожен.
Полководец Парменион и его сын Филота были казнены. Своего друга Клита, спасшего ему жизнь во время битвы на реке Граник, Александр убил собственными руками, поскольку тот выступал против заимствования восточных обычаев. Некоторые считают возвращение македонской армии через пустыни Гедрозии, стоившее жизни 45 тысячам воинов, наказанием за бунт на берегах Гипаса.