В период его правления были тяжелые условия - экономическая и хозяйственная разруха, сложная международная обстановка, Годунов продолжал политику Ивана Грозного, но не столь жестоко. Ослабленная Россия не имела сил для ведения широкомасштабных военных действий, чем воспользовались Речи Посполитая, Швеция, Крым и Турция. 
Он еще больше закабалил крестьян (что вызвало недовольство широких масс). Те связывали ухудшение своего положение именно с правлением Бориса. Так же, в 1601 был сильный неурожай. В центре страны вспыхнуло восстание (Восстание Хлопка). 

Народ считал, что все несчастья свалились на Русь потому, что это "Божья кара за неправедные действия безродного царя", т.е потому, что престол достался не по роду. Появились слухи, что царевич Дмитрий жив, чем воспользовались польско-литовские магнаты.