Родился 1336 году 8 апреля в кишлаке Ходжа Илгар (Яккабак) близ Кеша (Шахрисабз). Его отец эмир Мухаммад Тарагай, был из знатной семьи тюркского рода барласов. Он был влиятельным человеком и пользовался большим авторитетом в Мавераннахре. Его предки занимали достойное место в рядах дворцовой элиты Чагатайского улуса и выводили свою родословную от легендарной предводительницы тюрков Алан – кувы, а владения их находились вокруг Кеша и Нефеса. Отец Темура эмир Тарагай постоянно участвовал в курултаях чагатайских беков, созываемых ханом улуса на берегу реки Или.
В 1355 году он женится на дочери эмира Джаку – барласа Турмуш – ага. Верховный эмир Мавераннахра Казаган, убедившись в достоинствах Амир Темура., в том же году отдал ему в жены свою внучку Ульджай Туркан – ага. Благодаря этому браку возник союз Амир Темура с эмиром Хусайном, внуком Казагана. Они вместе выступали против монголов. В 1356 году у А.Т. рождается два сына – Джахангир и Омар Шайх.
Экономическое положение Мавераннахра в конце 13 – первой половине 14 вв ухудшались с каждым днем. Этим воспользовался хан Моголистана Тоглук Тимур, который без сопротивления в 1360 году дошел до Кашкадарьи. Амир Темур поступил к нему на службу. Но когда Тоглук Тимур назначил правителем Мавераннахра своего сына Ильяс Ходжу, Амир Темур не пожелал служить этому принцу и договорившись с правителем Балха эмиром Хусейном Амир Темур вступил в упорную борьбу с монголами.