Издавна большую роль при правителе играла Боярская дума как законосовещательный и законодательный орган. Чтобы ослабить в Думе роль боярской аристократии, царь втрое расширил её состав.

Возник новый орган власти - Земский собор (совет). В состав Земского собора стали входить: царь, Боярская дума, Освященный собор - собрание высшего духовенства, представители дворянства, купечества и верхушка городов. По сути, Земский собор стал народным представительством (на Западе - парламент) при государственной власти. Земские соборы собирались нерегулярно, по мере необходимости, и на них решались важнейшие государственные вопросы: внешней политики, финансов, в период междуцарствий происходили выборы нового царя.

Дальнейшее развитие получила приказная система. При Иване IV существовало уже более 20 приказов. Наиболее крупные из них были приказы Разрядный (военных дел), Пушкарский (артиллерия), Стрелецкий (стрелецкое войско), Оружейная палата (арсенал), Посольский (иностранных дел), Большой приход (финансы), Поместный (государственные земли), Сибирский дворец (сибирские земли) и др. Во главе приказа стоял боярин или дьяк - крупный государственный чиновник. Приказы ведали управлением, сбором налогов, судом.