После смерти Ивана Грозного престол занял его сын Федор Иоанович. Считается, что  он отличался слабым здоровьем и скудоумием. Реальную же власть находилась в руках его шурина — Бориса Годунова.

Младший сын Бориса Годунова — Дмитрий — вместе со своей матерью и родней отправлен в удельный город Углич. Царевич воспитывался при окружении родственников царицы — Нагих. С самого раннего детства ему внушалось

Многие историки, начиная с Н.М. Карамзина, открыто обвиняют Бориса Годунова в этом злодеянии.  Исторические источники, повести и сказания, иллюстрируют подробности его убийства, однако никто из авторов сочинений не был очевидцем угличских событий. Казалось бы, что многие факты говорят против Бориса. Ведь именно он в итоге получил власть в 1598 году.

Некоторые историки, среди которых Р.Г. Скрынников, кардинально по-другому интерпретировали эти события. Дмитрий был сыном Ивана IV от восьмого брака, который не получил благословления церкви.

К моменту смерти царевича (1591 год) не исчезла возможность появления законного наследника у царя Федора, ведь последний умер лишь спустя продолжительное время после описываемых событий в 1598 году. Неужели он мог просчитать ход событий на ближайшие семь лет вперед?

Бытует мнение, что Борис Годунов специально направил в Углич преданных людей, задачей которых было не выяснение истины, а затушить молву о насильственной смерти царевича. Однако, как отмечает Р.Г. Скрынников, следует обратить внимание на тот факт, что возглавлял следствие политический противник Годунова — хитрый и изворотливый князь Василий Иванович Шуйский. Исследователей смущало поведение Шуйского, ведь впоследствии, он несколько раз менял свои показания. Согласно  выводам Следственной комиссии Борис был непричастен к смерти царевича. Однако в дальнейшем В.И. Шуйский дважды менял свою точку в зависимости от политической ситуации. И в итоге, став царем, он признал и сделал официальной версию об убийстве Дмитрия. Стоит ли доверять таким показаниям?

Интересно отметить, что сразу после смерти царевича по указу царицы Марии Нагой произошел кровавый самосуд, во время которого возникла версия о спланированном убийстве царевича. Нагие подготовили подложные улики, чтобы сбить с толку следователей, однако обман был вскрыт. Если царевич был действительно убит, зачем это надо было делать?

С точки зрения некоторых исследователей, Следственной комиссии было поручено расследовать два момента: дело о смерти царевича, и дело об измене Нагих.

Как уже отмечалось выше, Следственное дело зафиксировало версию случайной, нечаянной смерти царевича. Эта версия опиралась на два утверждения. Первое заключалось в том, что царевич страдал страшной болезнью — эпилепсией, или как ее называли на Руси «падучей», «черным недугом».  Второй же факт — именно в момент игры в ножички с царевичем случился приступ эпилепсии. Все свидетели-очевидцы зафиксировали припадок ребенка.

Некоторые исследователи полагают, что показания угличан о нечаянной смерти царевича  были получены под давлением и угрозами. Р.Г. Скрынников же отмечает, что комиссия не преследовала своих свидетелей.

Следственное дело тщательно и подробно рассмотрело факт смерти Дмитрия и прямых улик, указывающих на причастность к ней Бориса Годунова выявлено не было. Другое дело, что с наступлением Смутного времени «имя Дмитрия» принял авантюрист, захвативший Московский двор. А сам «миф о чудесно спасенном Дмитрии Иоанновиче» стал использоваться разными сословиями для удовлетворения своих интересов.

Конечно, нельзя однозначно заявить о причастности или непричастности Бориса Годунова к гибели царевича. Этот вопрос еще остается дискуссионным, однако прямых доказательств, обличающих Бориса Годунова, на данный момент не обнаружено.