Нерчинский договор стал первым документом, регламентирующим отношения Китая и России. Кроме того, впервые в истории российско-китайских отношений были схематично определены государственные границы. Россия потеряла крепость Албазин и большую часть Приамурья, однако в силу слабого знания местности обеими сторонами соглашения, достигнутые в 1689 г., в будущем были неоднократно пересмотрены, благодаря чему были подписаны Айгунский (1858 г.) и Пекинский (1860 г.) мирные договоры, которые более точно определили границу между двумя странами.
Нерчинский мирный договор стал первым этапом в длительном и сложном процессе демаркации российско-китайской границы, который затянулся более чем на 300 лет и окончательно завершился лишь начале 2000-х годов. В октябре 2004 г. президент России Владимир Путин и председатель КНР Ху Цзиньтао подписали соглашение о российско-китайской государственной границе, благодаря которому окончательная демаркация границы между РФ и КНР состоялась в 2005 г.