Технически они правили оба. Патриарх Иоаким и некоторые родовитые бояре не хотели, чтобы Иван взошел на престол, т.к. при Иване образовался бы регентский совет и власть бы перешла в руки вельмож, также Иван болел и не очень активно принимал участие в государственной жизни. А Петр, будучи здоровым, был выдвинут народом и объявлен царем. Но родственники Ивана были против этого, после чего был поднят стрелецкий бунт (15.05.1682). В результате всего этого оба брата были провозглашены царями. 
Если не сложно, отметь мой ответ как лучший.