Опасения России оказались отнюдь не беспочвенны — на протяжении 17-18 веков казачество шло в авангарде мощных антиправительственных выступлений, из его рядов вышли предводители казацко-крестьянских восстаний — Степан Разин, Кондратий Булавин, Емельян Пугачев. Велика была роль казаков во время событий Смутного времени в начале 17 века. Поддержав Лжедмитрия I, они составили существенную часть его военных отрядов. Позднее вольное русское и украинское казачество, а также русские служилые казаки принимали активное участие в стане самых разных сил: в 1611 они участвовали в первом ополчении, во втором ополчении уже преобладали дворяне, но на соборе 1613 именно слово казачьих атаманов оказалось решающим при избрании царя Михаила Федоровича Романова. Неоднозначная роль, которую играли казаки в Смутное время, заставило правительство в 17 веке проводить политику резкого сокращения отрядов служилых казаков на основной территории государства. Но в целом российский трон, учитывая важнейшие функции казачества как военной силы в пограничных районах, проявляло долготерпение и стремилось подчинить его своей власти. Чтобы закрепить верность российскому престолу, цари, используя все рычаги, сумели добиться к концу 17 века принятия присяги всеми Войсками (последнее Войско Донское — в 1671). Из добровольных союзников казаки превратились в российских подданных.