Отклонение от догматов христианства, его прогресс и изменение представляли большую опасность для власти церкви, нежели полное его  непринятие. Духовенство, вероятно, боялось утратить привилегии впоследствии чего-то. Вот, к примеру, продавать отпущение грехов очень выгодно. А наука (а совсем не все ученые не были религиозными, потому из-за своих идей считались еретиками. Тот же Джордано Бруно), о-ох, чем дальше она пойдет, чем больше непонятных человечеству законов объяснит, тем меньшее значение будет иметь Бог. Да и в целом, наука же базируется на том, чтобы поддавать сомнению все понятия, что нет исчерпывающих ответов, не приводящих к новым вопросам, та вообще ой-ой-ой, как не вписывается в концепцию католицизма. Иноверцы существуют за рамками, в границах которых можно подвергнуть христианство изменению, значит, они не так опасны.