В XIX веке не раз происходили восстания уйгуров против цинского господства. С помощью кокандского хана ходжи делали попытки восстановления своих наследственных прав в Восточном Туркестане. Двойной экономический гнет усиливал тяготы населения. В 1864 году в Восточном Туркестане произошло самое обширное по охвату территории восстание дунган и уйгуров. Спустя несколько лет в 1867 году в борьбе за власть победу одерживает кокандский военачальник Якуб-бек, овладевший всей Кашгарией (Жетишаром). В 1870 году Якуб-бек занял Урумчи и подчинил Дунганское ханство. Но в 1871 году на территорию Уйгйрского султаната были введены русские войска, и доступ в Илийский край Якуб-беку был закрыт.

Петербургский договор 1881 года предусматривал жителям илийского края выбор китайского или русского подданства. Основная масса населения, учитывая «десятилетний опыт образцового» русского правления, при котором Илийский край развивался успешно, решила переселиться в пределы Российской империи.

Переселение уйгуров и дунган в Семиречье началось осенью 1881 года и продолжалось до 1884 года. Для, более чем, 45 тысяч уйгуров и 5 тысяч дунган, оставивших родные земли, новым местом обитания стал Семиреченский край и Северный Кыргызстан.